این دو پروتکل مدل کاملاً متفاوتی دارند:

POP3 — ایمیل را از سرور دانلود می‌کند و (به‌صورت پیش‌فرض) از سرور حذف می‌کند. ایمیل روی همان دستگاه می‌ماند.

• اگر کاربر روی لپ‌تاپ ایمیل را بخواند، روی گوشی دیگر نمی‌بیندش
• پوشه‌ها و وضعیت خوانده/نخوانده همگام نمی‌شود
• اگر آن دستگاه خراب شود، ایمیل‌ها از بین می‌روند

IMAP — ایمیل روی سرور می‌ماند و دستگاه‌ها فقط آن را نمایش می‌دهند.

• همه‌ی دستگاه‌ها یک نمای یکسان می‌بینند
• پوشه‌ها، وضعیت خوانده/نخوانده و پیام‌های ارسالی همگام می‌شوند
• بکاپ سرور یعنی بکاپ ایمیل همه

توصیه: تقریباً همیشه IMAP. امروزه که هر کاربر چند دستگاه دارد، POP3 مشکل‌ساز است.

POP3 فقط وقتی منطقی است که فضای سرور خیلی محدود باشد و کاربر بخواهد آرشیو را روی کامپیوتر خودش نگه دارد.

مشکلی که توصیف کردید دقیقاً نشانه‌ی POP3 است. برای رفعش، حساب را در کلاینت‌ها به IMAP تغییر دهید — ولی قبلش از ایمیل‌های محلی کاربر بکاپ بگیرید، چون آن‌هایی که با POP دانلود و از سرور حذف شده‌اند، روی سرور نیستند و با IMAP برنمی‌گردند.